Este reino posee muchos grupos de división de sus especies, pero entre los principales encontramos a los flagelados, ciliados y sarcodina. Esto es debido a que los otros se encuentran en menores cantidades.
Flagelados
Los organismos flagelados, también conocidos como mastigophora, presentan una movilidad característica que es utilizada para la clasificación taxonómica. Aunque muchos protistas flagelados son de vida libre, la mayoría son parásitos de animales, e incluso del ser humano.
El más importante de ellos es el tripanosoma y estos organismos causan una serie de enfermedades graves en el hombre como, por ejemplo, si se refiere al tripanosoma cruci hacemos referencia a que en el ser humano produce la enfermedad de chagas.
Ciliados
Es el grupo más numeroso de esta especie de protozoos. Son conocidos como phylum ciliophora. Son parasitarios y se encuentran mayormente en ríos, mares y lagos ya que los mismos pueden vivir en agua dulce y agua salada.
Poseen una característica forma esférica y cuentan con dos núcleos; uno de ellos contiene la información genética del microorganismo, mientras que el otro es el que se encarga de la nutrición. Pueden verse en toda la célula, o en tan sólo una parte de ella.
Sus partes son los cilios, vacuola digestiva, núcleos, micronúcleo, membrana celular, vacuola contráctil, cavidad bucal, citofaringe y poro anal.
Sarcodina
Dentro de los sarcodina se encuentran organismos tales como la amoeba, que en fase vegetativa se encuentran siempre sin ninguna estructura que los recubra. Igualmente, dentro de este grupo se encuentran los foraminíferos, que son amebas que secretan una especie de estructura durante su crecimiento vegetativo que los recubre.
Se conocen un gran número de amebas sin recubrimiento parásitas en humanos y en otros vertebrados cuyo hábitat es la cavidad bucal y el tracto intestinal.